Ανάλυση Γονιδιακής Έκφρασης στην Υγεία και τη Βιοϊατρική Έρευνα: Εισαγωγή, Δεδομένα και Εργαλεία

Αντικείμενο & Σκοπός Προγράμματος

Το μάθημα «Ανάλυση Γονιδιακής Έκφρασης στην Υγεία και τη Βιοϊατρική Έρευνα: Εισαγωγή, Δεδομένα και Εργαλεία» αποτελεί ένα εισαγωγικό εκπαιδευτικό πρόγραμμα κατάρτισης που στοχεύει στην εξοικείωση επαγγελματιών υγείας και ερευνητών με τις βασικές έννοιες, τις πηγές δεδομένων και τα εργαλεία ανάλυσης γονιδιακής έκφρασης.

Το αντικείμενο του μαθήματος εστιάζει στη μελέτη και βασική ανάλυση δεδομένων γονιδιακής έκφρασης στο πλαίσιο εφαρμογών υγείας. Περιλαμβάνει τη θεμελιώδη κατανόηση των εννοιών της γονιδιακής έκφρασης, των τεχνολογιών παραγωγής γονιδιωματικών δεδομένων και της δομής διεθνών βάσεων δεδομένων βιοϊατρικής πληροφορίας, όπως το Gene Expression Omnibus και το ArrayExpress. Το μάθημα καλύπτει επίσης τη βασική αξιοποίηση διαδικτυακών εργαλείων ανάλυσης γονιδιακής έκφρασης, όπως το GEO2R, με στόχο την κατανόηση της λογικής και των αποτελεσμάτων τέτοιων αναλύσεων.

Στο πλαίσιο του μαθήματος παρουσιάζεται η σημασία της ανάλυσης γονιδιακής έκφρασης στη σύγχρονη βιοϊατρική έρευνα και στις εφαρμογές υγείας, καθώς και οι κύριες τεχνολογίες παραγωγής μεταγραφικών δεδομένων. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στη χρήση δημόσιων αποθετηρίων “ανοιχτών” δεδομένων, όπως το Gene Expression Omnibus (GEO) και το ArrayExpress, με αναλυτική παρουσίαση της δομής, της οργάνωσης και των τύπων δεδομένων που φιλοξενούν.

Το μάθημα ολοκληρώνεται με παρουσίαση της βασικής διαδικασίας ανάλυσης δεδομένων γονιδιακής έκφρασης μέσω του online εργαλείου GEO2R, κατά την οποία παρουσιάζεται ενδεικτικά ο τρόπος εφαρμογής του εργαλείου για την ανάλυση πειραματικών δεδομένων μεγάλης κλίμακας, με στόχο την κατανόηση της λογικής της ανάλυσης και της ερμηνείας βασικών αποτελεσμάτων, χωρίς την απαίτηση προγραμματιστικών γνώσεων.

Σκοπός του μαθήματος είναι να προσφέρει μια ολοκληρωμένη αλλά προσιτή εισαγωγή στην ανάλυση γονιδιακής έκφρασης, γεφυρώνοντας τη θεωρητική γνώση με την πρακτική αξιοποίηση βιοϊατρικών δεδομένων. Το μάθημα στοχεύει να ενισχύσει τη βασική κατανόηση των συμμετεχόντων γύρω από τα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης και να τους καταστήσει ικανούς να αναζητούν, να κατανοούν και να αξιοποιούν δημόσια διαθέσιμα δεδομένα στο πλαίσιο εφαρμογών υγείας και έρευνας.

Η διάρθρωση του μαθήματος θα αποτελείται από τις εξής 4 συνεδρίες:

Ενότητα 1: Εισαγωγή στην Ανάλυση Γονιδιακής Έκφρασης και Εφαρμογές στην Υγεία και τη Βιοϊατρική Έρευνα
Ενότητα 2: Βάσεις Δεδομένων Γονιδιακής Έκφρασης: Gene Expression Omnibus (GEO)
Ενότητα 3: Βάσεις Δεδομένων Γονιδιακής Έκφρασης: ArrayExpress
Ενότητα 4: Ανάλυση Δεδομένων Γονιδιακής Έκφρασης με το online εργαλείο GEO2R

Μαθησιακοί Στόχοι Προγράμματος

Με την ολοκλήρωση του προγράμματος, ο/η επιμορφούμενος/η θα είναι σε θέση να γνωρίζει:
1. Τη σημασία της ανάλυσης γονιδιακής έκφρασης στη σύγχρονη βιοϊατρική έρευνα και στις εφαρμογές υγείας.
2. Βασικές έννοιες γύρω από τα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης και την ανάλυσή τους.
3. Πώς να αναζητά, να κατανοεί και να αξιοποιεί δημόσια διαθέσιμα δεδομένα στο πλαίσιο εφαρμογών υγείας και έρευνας.
4. Να αναγνωρίζει τις βασικές τεχνολογίες παραγωγής δεδομένων γονιδιακής έκφρασης (π.χ. μικροσυστοιχίες, RNA-seq).
5. Να χρησιμοποιεί το online εργαλείου GEO2R και να κατανοεί τη διαδικασία βασικής ανάλυσης πειραματικών δεδομένων μεγάλης
κλίμακας χωρίς την ανάγκη προγραμματιστικών γνώσεων.

Μεθοδολογία Υλοποίησης Προγράμματος

1.Διαδικασία υλοποίησης της επιμόρφωσης

Online Εξ Αποστάσεως

2. Μέθοδοι υλοποίησης της επιμόρφωσης

Παρουσίαση, συζήτηση, αξιολόγηση

3. Μέθοδοι Αξιολόγησης & Κριτήρια Απόδοσης Πιστοποιητικού Επιμόρφωσης

Απαντήσεις σε ερωτηματολόγιο (βλ. αναλυτικότερα στον Οδηγό)

Το πρόγραμμα υλοποιείται στο πλαίσιο της πράξης «HEALTH HUB – ΕΚΨΚ για τον μετασχηματισμό του κλάδου της Υγείας και Φαρμάκου με τη χρήση ψηφιακών υπηρεσιών τεχνητής νοημοσύνης» με κωδικό ΟΠΣ 6001682 και συγχρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή Ένωση μέσω του Προγράμματος Ανταγωνιστικότητα (ΕΣΠΑ 2021-2027).